Как уже писала газета, осенью 2005 года предприятие начало испытывать трудности с приобретением зерна из-за нехватки оборотных средств и высоких цен на сырье, а также в связи с низкими ценами на муку на рынке. На заводе начались сокращения персонала, была остановлена одна мельница. Тогда же в дело вмешалась администрация области. Департамент экономической безопасности обратился в прокуратуру области с просьбой провести проверку финансово-хозяйственной деятельности предприятия на предмет выявления признаков преднамеренного банкротства. Проверка началась в сентябре 2005 года. Областные власти не исключали, что московская компания ООО «Инвестмука», владеющая 49 процентами акций ОАО «Ярославский мукомольный завод №1», занимается выводом активов с предприятия, снижая различными методами его платежеспособность.
Эксперты полагают, что в результате экономических трудностей завод вообще может быть перепрофилирован или закрыт, а на его месте в центральной части города будет построена коммерческая недвижимость, торговые центры и жилые дома.