Флаг имеет лазурное полотнище, символизирующее и Волгу, и вечное небо, и голубой поток газа – Мышкин называет себя «газовой республикой», там проходит газопровод «Сияние Севера». В углу у древка – золотой прямо-угольник, цвета флага Ярославской области, а в нем – большой парад-ный герб Мышкина. Потому у го-рода будет два герба. Один – для документов. Он традиционный: медведь с секирой в верхней половине, мышка в нижней, герб увит трехзубой городской короной. Второй – парадный. Он сложнее увенчан. Городская корона объята большой императорской. Такое оформление практиковалось в России в начале двадцатого века. Оно оправданно: город старый, его посещали императрица Екатерина Великая и Александр Третий. В обрамлении позади герба скрещены два якоря адмиралтейства, символизирующие речную торговлю, туризм, порт. Якоря увиты ветвями дуба, что означает славу и достоинство, переплетенные красной лентой – это лента ордена Святого Александра. Тут имеется в виду внимание к городу императора Александра Третьего и придел святого Александра Невского – патрона ордена – в мышкинском Никольском соборе.
